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上海聚顶生物科技有限公司
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公司新闻/正文
技术干货 | 如何用 Safe-Red™ Gel 做核酸凝胶电泳
251 人阅读发布时间：2025-10-28 11:44
操作步骤
Safe-Red™ Gel 的使用方法和 EB 一致。 Safe-Red™ Gel 可以按适当比例直接加入琼脂糖中配制成凝胶，也可以在电泳完毕后对凝胶进行染色。前者更加方便，而后者灵敏度要更高一些。但由于 Safe-Red Gel 本身已经非常灵敏， 通常采用把 Safe-Red Gel 直接配制在凝胶中就可以了。对于一些特殊情况， 如核酸样品量特别少的情况等，则可以考虑电泳后再对凝胶进行染色。
1. 前染法：
（1）按照标准方案制备琼脂糖凝胶溶液或根据需要配制适当浓度（例如 1%~3%）琼脂糖胶液；
（2）在琼脂糖完全融解后，适当冷却但又不会使琼脂糖凝固时（ Safe-RedGel 可以像 EB 一样在琼脂糖凝胶液加热融解后但未凝固前加入并混匀，也可以在琼 脂糖融解前加入，然后再微波炉加热融解并混匀），按照每 50 mL 胶液加入 5μL Safe-RedGel 的比例（10000︰1）加入 Safe-Red™ Gel ，混匀后即可 把琼脂糖胶液倒入制备凝胶的模具中；
（3）按照标准操作步骤进行电泳凝胶实验，适量的 DNA 或 RNA 在该胶中电泳后，用 300 nm/254 nm 紫外线透照器对凝胶进行成像在紫外灯下可以观察到明亮的核酸条带。
2. 后染法：
（1）根据标准方案运行凝胶电泳，完毕后对琼脂糖凝胶染色；
（2）制备 3 × 工作液染色，即将 Safe-Red™ Gel 10,000 × 储液稀释约 3,300倍到 0. 1 M NaCl 水溶液中，如若需要配置 100 mL 3 × 工作液，则需要将 30 μL Safe-RedGel 10,000 × 储液和 100 mL 0. 1M NaCl 溶液中；
（3）把电泳完毕的琼脂糖凝胶放到适当的容器（如聚丙烯容器）中，加入适量上述配制好的 Safe-RedGel 染色液，确保至少盖住凝胶（注意：不要使用玻璃 容器，因为它会吸附大部分染色液中的染料）；
（4）在摇床上缓慢摇动（约 30-50 rpm）染色 20-60 分钟。染色时间根据胶的厚度而定，胶厚则染色时间需要长一些，胶薄则染色时间可以短一些；若想缩短时间， 可以采用放置摇床前对染色液进行预加热 50-60 ℃ 然后再倒入凝胶；
（5）染色完毕后无需任何洗涤步骤，在紫外灯下即可观察核酸条带。若要观察到更为清晰的条带，可以在染色后用水漂洗1-2 次，每次 3-5 分钟，以消除背景。Safe-RedGel 染色液可以重复使用 3 次左右。 Safe-Red™ Gel 染色液也可 以一次大量制备，在室温下避光保存，直至用完。
（6）后染法如果用的是 Bio-Gel P，Bio-Gel P 可以直接在玻璃平皿上染色，将配好的工作溶液轻轻地倒在胶板上，让工作液均匀地覆盖整个胶板，并染色 30 分钟。玻璃平皿必须预先经过 SinH2n+2 化溶液处理（避免染料吸附在玻璃表面上）。
注 ：
1）电泳时间不要超过 2 小时；
2）在常规用酒精沉淀核酸的过程中， Safe-Red™ Gel 可以全部从双链 核酸上去掉；
3）染色效果一旦不佳，从上样量、电泳条件包括电泳液是否新鲜，以及染料 与胶是否混匀、染料是否析出等因素考虑。
应用案例：
图 1 EB（左）与 Safe-Red Gel（右）染色对比效果图
FAQ
1. 问：为什么染 RNA 的效果不如染 DNA 的好？
答：此款核酸染料都与 dsDNA 、ssDNA 和 RNA 结合，但敏感性不同。相对于 ssDNA 和 RNA ，此款染料对应 dsDNA 的敏感性更好。RNA 本身就容易分解，导致跑电泳时会分解，效果会更差。
2. 问：跑胶时发现条带光亮度很弱或者背景很强如何改善？
答：（1）条带亮度减弱，极大困难是染料从溶液中沉淀析出，此时可以将本产品溶液加热至 45-55℃ 之间 3-5 分钟，然后涡旋溶解即可；
（2）背景高，极大可能是琼脂糖质量不佳导致。
3. 问：跑电泳时出现模糊条带或者笑脸条带、条带扭曲甚至条带会多出，如何解决？
答：由于本款染料属于大分子和高亲和力染料，旨在提高其安全性，由此会影响到 预制胶中的 DNA 迁移。解决方案如下：
（1）减少 DNA 上样量，一般推荐为原上样量的三分之一左右即可；
（2）使用较低含量琼脂糖的凝胶，较高分子量的 DNA 会分离效果更好；
（3）出现多的条带是由于本产品特别高的灵敏度导致，DNA 样本不纯，通常 这种不纯条带在灵敏度低的染料如 EB 无法被检测出来。
4. 问：此款染料可以用于甲醛基 RNA 凝胶和 Bio-Gel P？
答：（1）可以；
（2）使用 Bio-Gel P 时，推荐用后染法，如对于含有 3.5%-10% AA 的 Bio-Gel P，典型的染色时间为 30 分钟至 1 小时，AA 含量较高的凝胶需要更长的染色时间。
5. 问：此产品是否与克隆、连接和测序等下游应用兼容？
答 ：对。一些用户反馈称，在本染料存在的情况下对 DNA 进行 PCR ，无需纯化 步骤，例如通过在 TE 缓冲液中孵育本款产品染色的凝胶切片，通过被动扩 散提取 DNA 用于 PCR ，或使用几微升来自含有 DNA 的本款产品染色凝胶切片的熔融琼脂糖用于 PCR。
6. 问：在熔融的琼脂糖里面，本款染料的稳定性如何？
答：我们不建议将 Safe-Red™ Gel 在熔融琼脂糖中储存超过几天。但是未使用的含有本款染料的凝固琼脂糖可以重新熔化。如果未使用的含染料琼脂糖要储存一天左右，我们建议将其避光保存。
7. 问：染色后，建议采用哪些纯化方案去除 Safe-Red Gel？
答 ：我们建议使用我们的 DNA 凝胶提取试剂盒从 DNA 样本中去除本款染料， 但一些客户报告说，通过 Phenol-Trichloromethane 提取成功去除了本款染料。客户还反馈说， 使用 Zymo Research 的 ZymoClean™ 凝胶 DNA 回收试剂盒 、Sigma 的 GenElute™ 琼脂糖旋转柱、Life Technologies 的 PureLink® 快速凝胶提取试剂盒、GE Healthcare 的 illustra GFX PCR DNA 和凝胶带纯化试剂盒、罗氏应用科学公司的高纯 PCR 产品纯化试剂盒和 Thermo Scientific 的 GenJET 凝胶提取试剂箱，效果良好。