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上海聚顶生物科技有限公司
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公司新闻/正文
核酸凝胶电泳实验操作详解
28 人阅读发布时间：2026-09-09 14:34
Safe-Red Gel的使用方法和EB一致。Safe-Red Gel可以按适当比例直接加入琼脂糖中配制成凝胶，也可以在电泳完毕后对凝胶进行染色。前者更加方便，而后者灵敏度要更高一些。但由于Safe-Red Gel本身已经非常灵敏，通常采用把Safe-Red Gel直接配制在凝胶中就可以了。对于一些特殊情况，如核酸样品量特别少的情况等，则可以考虑电泳后再对凝胶进行染色。
1.前染法：
（1）按照标准方案制备琼脂糖凝胶溶液或根据需要配制适当浓度（例如1%~3%）琼脂糖胶液；
（2）在琼脂糖完全融解后，适当冷却但又不会使琼脂糖凝固时，Safe-Red Gel可以像EB一样在琼脂糖凝胶液加热融解后但未凝固前加入并混匀，也可以在琼脂糖融解前加入，然后再微波炉加热融解并混匀），按照每50mL胶液加入5μL Safe-Red Gel的比例（10000︰1）加入Safe-Red Gel，混匀后即可把琼脂糖胶液倒入制备凝胶的模具中；
（3）按照标准操作步骤进行电泳凝胶实验，适量的DNA或RNA在该胶中电泳后，用300nm/254nm 紫外线透照器对凝胶进行成像在紫外灯下可以观察到明亮的核酸条带。
2.后染法：
（1）根据标准方案运行凝胶电泳，完毕后对琼脂糖凝胶染色；
（2）制备3×工作液染色，即将Safe-Red Gel 10,000×储液稀释约3,300倍到0.1M NaCl 水溶液中，如若需要配置100mL 3×工作液，则需要将30μL Safe-Red Gel 10,000×储液和100mL0.1M NaCl溶液中；
（3）把电泳完毕的琼脂糖凝胶放到适当的容器（如聚丙烯容器）中，加入适量上述配制好的Safe-Red Gel染色液，确保至少盖住凝胶（注意：不要使用玻璃容器，因为它会吸附大部分染色液中的染料）；
（4）在摇床上缓慢摇动（约30-50rpm）染色20-60分钟。染色时间根据胶的厚度而定，胶厚则染色时间需要长一些，胶薄则染色时间可以短一些；若想缩短时间，可以采用放置摇床前对染色液进行预加热50-60℃然后再倒入凝胶；
（5）染色完毕后无需任何洗涤步骤，在紫外灯下即可观察核酸条带。若要观察到更为清晰的条带，可以在染色后用水漂洗1-2次，每次3-5分钟，以消除背景。Safe-Red Gel染色液可以重复使用3次左右。Safe-Red Gel染色液也可以一次大量制备，在室温下避光保存，直至用完。
（6）后染法如果用的是聚丙烯酰胺凝胶，聚丙烯酰胺凝胶可以直接在玻璃平皿上染色，将配好的工作溶液轻轻地倒在胶板上，让工作液均匀地覆盖整个胶板，并染色30分钟。玻璃平皿必须预先经过硅/烷化溶液处理（避免染料吸附在玻璃表面上）。
注：1）电泳时间不要超过2小时；
2）在常规用酒精沉淀核酸的过程中，Safe-Red Gel可以全部从双链核酸上去掉；
3）染色效果一旦不佳，从上样量、电泳条件包括电泳液是否新鲜，以及染料与胶是否混匀、染料是否析出等因素考虑。
3.实验效果图（图1）
图1EB（左）与Safe-Red Gel（右）染色对比效果图
FAQ
1.问：为什么染RNA的效果不如染DNA的好？
答：此款核酸染料都与dsDNA、ssDNA和RNA结合，但敏感性不同。相对于ssDNA和RNA，此款染料对应dsDNA的敏感性更好。RNA本身就容易分解，导致跑电泳时会分解，效果会更差。
2.问：跑胶时发现条带光亮度很弱或者背景很强如何改善？
答：（1）条带亮度减弱，极大困难是染料从溶液中沉淀析出，此时可以将本产品溶液加热至45-55℃之间3-5分钟，然后涡旋溶解即可；
（2）背景高，极大可能是琼脂糖质量不佳导致。
3.问：跑电泳时出现模糊条带或者笑脸条带、条带扭曲甚至条带会多出，如何解决？
答：由于本款染料属于大分子和高亲和力染料，旨在提高其安全性，由此会影响到预制胶中的DNA迁移。解决方案如下：
（1）减少DNA上样量，一般推荐为原上样量的三分之一左右即可；
（2）使用较低含量琼脂糖的凝胶，较高分子量的DNA会分离效果更好；
（3）出现多的条带是由于本产品特别高的灵敏度导致，DNA样本不纯，通常这种不纯条带在灵敏度低的染料如EB无法被检测出来。
4.问：此款染料可以用于甲醛基RNA凝胶和聚丙烯酰胺凝胶？
答：（1）可以；
（2）使用聚丙烯酰胺凝胶时，推荐用后染法，如对于含有3.5%-10%丙烯酰胺的聚丙烯酰胺凝胶，典型的染色时间为30分钟至1小时，丙烯酰胺含量较高的凝胶需要更长的染色时间。
5.问：此产品是否与克隆、连接和测序等下游应用兼容？
答：对。一些用户反馈称，在本染料存在的情况下对DNA进行PCR，无需纯化步骤，例如通过在TE缓冲液中孵育本款产品染色的凝胶切片，通过被动扩散提取DNA用于PCR，或使用几微升来自含有DNA的本款产品染色凝胶切片的熔融琼脂糖用于PCR。
6.问：在熔融的琼脂糖里面，本款染料的稳定性如何？
答：我们不建议将Safe-Red Gel在熔融琼脂糖中储存超过几天。但是未使用的含有本款染料的凝固琼脂糖可以重新熔化。如果未使用的含染料琼脂糖要储存一天左右，我们建议将其避光保存。
7.问：染色后，建议采用哪些纯化方案去除Safe-Red Gel？
答：我们建议使用我们的DNA凝胶提取试剂盒从DNA样本中去除本款染料，但一些客户报告说，通过苯酚-氯/仿提取成功去除了本款染料。客户还反馈说，使用ZymoResearch的ZymoCleanTM凝胶DNA回收试剂盒、Sigma的GenEluteTM琼脂糖旋转柱、Life Technologies的PureLink 快速凝胶提取试剂盒、GE Healthcare的illustraGFX PCR DNA和凝胶带纯化试剂盒、罗氏应用科学公司的高纯PCR产品纯化试剂盒和Thermo Scientific 的GenJET凝胶提取试剂箱，效果良好。
Safe-Red Gel(10,000×in Water) 产品详情
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产品货号 |
产品名称 |
产品规格 |
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K183 |
Safe-Red Gel (10,000×in Water) |
0.1mL(40T) |
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0.5mL(200T) |
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储运条件 |
室温保存；常温运输。 |
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产品参数（光谱图）
产品介绍
Safe-Red Gel（10,000×inWater）是用于核酸凝胶电泳的一款高灵敏、无致突变性的安全性荧光染料。Safe-Red Gel主要适用于紫外亦兼容于蓝光凝胶成像系统。
应用范围：核酸凝胶电泳
产品特点
高稳定：本产品可室温保存；可100℃高温煮沸；
高灵敏：灵敏度是溴化乙锭的10-100倍，最低可以检测100pg DNA样本；
高安全：通过环境动物测试实验和Ames突变性双重验证，证明本产品无致突变性和与环境无害。
注意事项
1.本产品在蓝光下成像效果不如紫外，因此推荐使用紫外凝胶成像系统。
2.推荐使用TAE电泳缓冲液并及时更换，保持电泳缓冲液新鲜。
3.染料无需低温冷藏，请于室温下储存，室温下储藏过久可能会出现干管现象，可以直接加入蒸馏水并加热45-50℃进行震动充分溶解后即可。若放置低温包括4℃,若发现沉淀，请将染料加热至45-50℃,振荡溶解，亦不影响使用效果。
4.本产品仅限于科研用途并且不得存放于普通住宅内。
5.为了您的安全和健康，请遵循您所在常规实验室安全规定。